上海市水利院致力于城市防洪工程的规划设计。自上世纪80年代起，上海市水利院对长江口、杭州湾“千里海塘”和黄浦江“千里江堤”进行了规划设计，先后完成了苏州河河口水闸工程、吴淞路闸桥、淀东水利枢纽及上海市西部地区防洪工程等市重大防汛工程，承接了浦东国际机场、虹桥枢纽、上海化学工业区等区域性排水工程，为上海构筑了一道防汛安全屏障。